7月20日，獐子島遭遇媒體質疑，當晚公司就媒體的六大質疑發布澄清公告。公司董事會秘書孫福君表示，正視輿論對公司的評價，面對失實報道給予正向回應，可以讓社會各界和投資者了解公司經營管理，體現公司是一個負責任的企業。
公司在澄清公告中首先對王欣紅的離職和其薪酬情況進行了說明。王欣紅離職前身兼副總裁和董秘職務，是公司極為重要的高管人員，2011年底突然被檢查出患有免疫系統疾病，無法承擔繁重的管理工作，因此才離職休養。
對于媒體質疑的公司近幾年眾多高管頻繁離職的現象，孫福君表示，這恰恰是因為獐子島過于透明的高管人員披露制度造成的。獐子島列入高管披露名單的人員高達17人，各事業部、經營中心的負責人變動經常出現在其公告中。而大多數公司中這一級的人員變動并未披露。另外，獐子島是一個快速發展的企業，經營理念和管理觀念的變化是巨大，為順應這種變化所要進行的管理人員的調整也是經常的。
針對所謂“公司大量外購海參以次充好”的質疑，公司則詳細說明了獐子島海參的原產地策略，對“獐子島”品牌海參更進一步明確了獐子島產、長海縣產和大連及其他產地，并列明各產區的產量和品質。
公告中表明，第一等級的獐子島原產地海參完全是自然野生，產于獐子島周邊四個島嶼的海域，年產6個頭/公斤的野生海參約300噸。下一層級的海參為長海縣產底播海參，產自于長山群島中除獐子島以外的其他島嶼，為底播投苗海參，生長周期為5年左右。公司每年自產海參約210噸，收購養殖業戶海參約500噸。第三類海參則是養殖基地和合作基地生產，其中獐子島公司每年自產海參約130噸，收購合作基地海參約20噸。
對于媒體質疑公司內部員工瀆職，澄清公告中表明，“2600萬元扇貝遭內部人盜竊涉核心高管”所涉人員為銷售人員而非高管人員，涉及金額1355萬元而非2600萬元。“內部人貪污苗種”則是公司員工個人利欲熏心，利用收購苗種的工作便利收受賄賂。上述兩起案件，都是公司發現問題并舉報，使公安機關立案調查，是公司利用自身的管理制度發現問題并按司法途徑保護公司利益，而非是在媒體觸動下的被動行為。
至于獐子島“海外投資數億被指徒有虛名”的問題，公司澄清道，公司分別在中國香港、美國、加拿大、法國、中國臺灣設立了子公司，注冊資本分別為2988萬港幣、100萬美元、10萬美元、50萬歐元、3178萬新臺幣，其中公司的總投資不超過5000萬元人民幣。上述子公司目前運營正常。
針對“調節利潤涉嫌虛增收入”的質疑，獐子島列示了近三年公司的現金分紅明細予以回應。表示“從2009年到2011年，公司現金分紅總額為6.3億元，這是無法造假的對股東的真實回報”。
針對指責“公司業績變臉”的問題，公司表示已在一季報中進行披露。針對公司一季度利潤下降，眾多機構調研員到獐子島進行調研，對公司目前的經營情況進行詳細了解。公司也在信息披露合規的范圍內讓投資者對公司目前的生產現狀和公司的長遠發展方向有了一個充分的了解。
獐子島公司董秘孫福君表示，這次新聞媒體的失實報道，嚴重損害了公司、股東及投資者的利益。公司除向公眾和投資者發布澄清公告外，公司啟動了應急預案，必要時將采取法律手段捍衛自身權益。