滬港通好處很多，許多人已談了不少了。但滬港兩市現行交易規則、法律法規、監管制度等方面有不小的差異，要將好事辦好，還需滬港兩市做好制度微調、對接，在操作細節上嚴密設計。
首先，兩市交易時段或者上市公司信息披露制度很可能就需微調。目前兩地交易時段不一，香港交易時段為上午9點30分至12點，下午13點至16點，交易時間對滬市形成覆蓋關系，滬市在11點30分至12點以及15點及16點這兩個區段休市，但在這兩個區段，A+H上市公司難免也會產生并傳播出一些消息、甚至通過法定程序披露一些信息。比如按滬市目前實行的信息披露直通車制度，上交所信息披露系統自當日15點30分起，將上市公司在規定時間內完成登記的直通車公告及相關信息披露文件自動發送至上交所網站予以刊載;那么香港投資者、以及資金實力在50萬元以上有資格參與港股通的內地投資者，就可在15點30分至16點之間捷足先登利用這些信息，通過參與香港市場的H股交易，這對局限在滬市投資A股的散戶投資者就會產生不公。
之前滬港兩市由于資本管制以及投資理念差異等原因，形成嚴重的分割壁壘，上述信息披露的負面效應或許還不明顯;而一旦滬港通開啟，同一個投資者可以非常方便地投資其中任何一個市場，且滬港通采用人民幣為結算貨幣、資本管制大為放松，兩市分割壁壘被初步擊破，由此上市公司信息披露的公平性就成了大問題。事實上，證券價格變動的依據主要來自發行人對內部信息的披露，上市公司的有關信息，對其股價定位具有決定性影響。筆者因此建議，為維護市場公平，最好統一滬港兩市的交易時間。當然，由于兩市投資者交易習慣已經形成，交易時段或難改變，那么，就應針對A+H上市公司建立更為嚴格、公平的信息披露制度，防止對投資者形成不公。
其次，妥善解決投資者參與對方市場上市公司的治理問題。開啟滬港通，內地投資者可以成為H股上市公司的股東，港人也可直接成為A股公司的股東。投資者持有股票絕非單純為了投機，尤其是香港大機構更愿意長期持股，需要有暢通的參與上市公司治理渠道。只是目前A股這方面還存在差距，投資者參與股東大會投票、最方便的方式是網絡投票，但2006年的《上市公司股東大會規則》，并沒有強制上市公司統一執行網絡投票制度，現實中不少上市公司股東大會故意采取現場表決方式，將中小散戶拒之門外。開啟滬港通后，應就此強制所有上市公司股東大會，都必須為股東提供網絡投票方式。
其三，允許投資者在滬港兩市合法跨市套利。實施滬港通，若兩市存在套利機會，必然有套利資金見縫插針，只要不違法違規，這樣的行為無需過度擔心。A股市場投資者若延續之前過度投機做法，不顧上市公司股票內在價值、肆意鼓吹A股價格泡沫，就可能成為套利對象;而套利操作，正是擊破兩市分割壁壘的最主要動力，客觀上也能推動兩市投資理念大碰撞，有效抑制A股市場過度投機思維。當然，也要防止投資者非法跨市套利甚至操縱等行為。有港媒擔心，滬深股市“老鼠倉”等問題嚴重，這些不良操作手法可能因兩地互通傳入香港。筆者認為，香港市場總規模超10萬億人民幣，港股通總額度為2500億人民幣、每日額度為105億元人民幣，這樣的額度不會攪起太大浪花;更為關鍵的是，香港監管素來敢于和違法違規行為硬碰硬，應有能力馴服內地資金規范運作，而這些監管理念也將反過來影響A股市場。
其四，加強對投資者的教育。兩市在法律法規、上市規則、交易規則等方面存在差異，需要事前對投資者作必要的相關輔導。筆者希望，為方便投資者，兩市的各項制度能夠相互取長補短。比如A股市場的漲跌停板制度有其合理性，據報港交所也在研究擬參照美國引入漲跌熔斷機制、以防閃電崩盤。既如此，或不如直接借鑒A股的漲跌停板制度。