隨著出生率逐步下降、適齡學生數量減少以及政府撥付的教育補助金不斷被削減，日本普通高等院校在學生招收和財務狀況等方面都面臨嚴峻挑戰。日本有關專家認為，如果不能采取有效措施，2020年之后，包括設在中小城市的國立和公立大學在內的非知名大學將相繼倒閉，日本部分高等院校遭遇前所未有的生存問題。
由于日本新生嬰兒數量逐年減少，報考大學的高中畢業生人數下降，非知名大學招生難以完成計劃。1992年，日本全國各大學的新生招收指標為47萬，當時約有92萬學生報名參加入學考試。到了2014年，全國新生招收指標擴大到了59萬，但報名考試的學生人數卻減少到了約66萬，幾乎所有想上大學的學生都能夠如愿以償。2014年，日本高等院校的在校生人數為285萬，比10年前減少了4萬多。
近年來，日本人口下降的局面不但沒有得到改善，反而越發嚴峻。2013年出生，將于2031年到達上大學年齡的大學生預備人口只有104萬，比2013年的大學生預備人口減少15萬。預計2020年新生嬰兒數量將減少到約83萬。今后各大學之間展開的學生爭奪戰必將更激烈，除了具有世界級教育質量的名校以及在日本教育界具有較高影響力和好口碑的知名學府之外，其他高等院校都可能面臨嚴峻的生存危機，對設在中小地方城市的高校沖擊更大。日本國土交通省預言，今后人口在12.5萬以下的絕大部分城市，大學將會消失。
由于在校生數量下降，學費收入增長停滯，開支增加以及政府撥款或教育補助金減少，日本多數高校的財務狀況都在惡化，經營出現困難。
《讀賣新聞》對日本129家主要高等院校的調查結果顯示，有58%的學校經營狀況惡化，在私立大學中有68%的學校經營狀況不良，出現了不同程度的虧損。日本私立學校振興共濟事業團的調查結果顯示，2014年，在日本全國578家四年制大學中，有一半以上的大學未能招滿學生，比上年增加了6個百分點，特別是比較偏遠的東北和四國地區的私立大學招生難問題更加突出。加上日本經濟一直未有大的起色，政府用于高等教育的財政撥款也在不斷減少，不僅私立大學的補助金減少，就連國立大學的財政撥款也受到很大影響。2012財年，用于國立大學的財政撥款為10791億日元，比上年度減少574.26億日元，平均降幅超過5%，部分學校的降幅達到10%甚至20%。
為了解決學校招生難、運營資金不足等問題，日本高等院校正在積極采取擴大招募外國留學生的同時，大力增強大學附屬醫院經營管理，并舉辦各種名義的活動，鼓勵各界人士積極捐款。
近年來，日本不少大學積極到中國等亞洲各國招收留學生，努力擴大生源，增加收入。日本文部科學省也在積極配合日本高校招收外國留學生，計劃將目前的13萬外國留學生擴大到30萬，在彌補國內大學招生人數不足的同時，擴大日本高等教育在國際上的影響力。
許多大學積極展開募集活動，呼吁各屆校友積極捐款，反哺母校。一橋大學已募集到了75億日元的捐款。青山學院大學發起了網上捐款活動，和銀行合作在網上公布銀行賬戶，歡迎校友和各界人士捐款。早稻田大學校長親自拜訪企業經營者，呼吁有能力的企業大力支持教育事業，幫助早稻田大學建造為擴大招收留學生而建造的國際學生公寓，在過去的一年中已經募集到了13億日元。富山大學、京都府立醫科大學等高校也接到了為數可觀的各類捐款。目前，捐款已經成了日本高等教育的重要財源之一。
